En janvier et février 1798, la politique du Directoire s'oriente vers l'invasion de l'Angleterre à partir des ports du nord de la France.
Il charge les généraux Kléber, Desaix, Caffarelli et Bonaparte d'examiner les possibilités d'invasion maritimes lance la construction d'une flotte et le rassemblement de troupes mais l'opération jugée beaucoup trop risquée est abandonnée. Pour lutter contre l'Angleterre et en même temps se débarrasser d'un Bonaparte trop populaire, le Directoire et Talleyrand vont donc tenter la carte orientale. La décision d'intervenir en Egypte est prise le 5 mars 1798.
Conçu et menée par le général Bonaparte juste sorti d'une campagne aussi victorieuse qu'innattendue en Italie, la campagne d'Egypte débute le 19 mai 1798 par le départ de Toulon du corps expéditionnaire français composé de 55 bateaux de guerre et 300 bateaux de transports, 36 000 hommes, 2500 officiers et 10 000 marins.
Elle est complété par une expédition scientifique regroupé dans l'Institut d'Égypte qui avait pour mission de propager la pensée des Lumières en Égypte. Composée de 167 historiens, savants et ingénieurs dont le mathématicien Gaspard Monge, le chimiste Claude Louis Berthollet, le géologue Dolomieu, le dessinateur Henri-Joseph Redouté, l'écrivain et dessinateur Vivant Denon, le mathématicien-physicien Jean-Joseph Fourier, le botaniste Alire Raffeneau-Delile, le naturaliste Étienne Geoffroy Saint-Hilaire, l'ingénieur Pierre Simon Girard, l'expédition n'est pas que militaire, elle est aussi scientifique et civilisatrice.
L'arrivée en Egypte
Après la capture de Malte le 11 juin, Bonaparte débarque difficilement à Alexandrie le 1er juillet.
La célèbre bataille des Pyramides a lieu le 21 juillet 1798, Bonaparte se serait écrié « Soldats, songez que du haut de ces monuments, quarante siècles vous contemplent »en leur montrant les fameuses Pyramides. C'est le début de la bataille des Pyramides, ou les troupes françaises écrase les Mamelouks.
Mais le 2 août 1798 la flotte française est détruite dans la rade d'Aboukir par l'amiral anglais Nelson.
Les 21 et 22 octobre 1798, la population du Caire, excités par les cheicks et les imans, se répand en armes dans les rues, se fortifie sur divers points, et principalement dans la grande mosquée Après des combats acharnés dans les rues, Les Français brisent les portes de la grande mosqué et s'y introduisent en force faisant un carnage affreux des révoltés.
Le canal de Suez
Le calme revenu, Bonaparte en profite pour visiter le port de Suez et s'assurer de ses propres yeux de la possibilité de creuser un canal reliant la mer Rouge avec la Méditerranée.
Accompagné de ses collègues de l'Institut, Berthollet, Monge, le père Dutertre, Costaz, Caffarelli, et suivi d'une escorte de 300 hommes, il prend le chemin de la mer Rouge, et après trois jours de marche dans le désert, il arrive à Suez puis la mer Rouge.
L'expédition de Syrie
De retour au Caire, B donne ordre à 10 000 hommes de se tenir prêts à marcher.
Après la prise d'El-Arich, l'armée arrive à Gaza puis prends Jaffa.
L'armée se dirige sur Saint-Jean-d'Acre et prend en chemin Kaïffa, les châteaux de Jaffet, de Nazareth, la ville de Tyr
Après soixante jours d'attaques réitérées et deux assauts meurtriers et sans résultat, Saint-Jean-d'Acre tient toujours ferme.
Bonaparte vole alors au secours de Kléber qui s'était porté au devant de l'armée turque avait passé le Jourdain pour essayer de venir en aide aux assiégés de la ville de Saint-Jean-d'Acre, et remporte la célèbre bataille du Mont-Thabor.
De retour devant Saint-Jean-d'Acre, Bonaparte lance six nouveaux assauts sans réussite
Bonaparte repartit en Égypte en juin 1799 sans avoit pu prendre Saint-Jean d'Acre.
Après avoir trouvé au Caire le repos et tous les approvisionnements dont elle avait besoin l'armée et Bonaparte marche sur Aboukir ou il bat les armées énnemies.
Le 1 août, la victoire d'Aboukir est le dernier exploit du général en chef en Égypte qui prend spontanément la résolution de revenir en France qu'en il comprend que la patrie qui entre temps avait éprouvé des revers avait besoin de lui.
Le 23 août 1799, le général en chef Bonaparte transmis ses pouvoirs au général Kléber et à la nuit tombante, il embarque sur la frégate la Muiron et le le 1er octobre la flotille entre dans le port d'Ajaccio, le 8 octobre 1799 (16 vendémiaire an VIII), les frégates mouillent dans la rade de Fréjus. C'est la fin pour Bonaparte qui s'envole vers un autre destin.
La fin de la campagne
Le 24 janvier1800: Kléber donc les forces s'affaiblisent et qui n'a reçu ancun renfort de France, conclut avec l'amiral britannique Smith la convention d'El-Arichk, les troupes françaises commencent à se replier mais début février mais l'amiral britannique Keith refuse les termes de la convention.
Le 20 mars: à la bataille d'Héliopolis, Kléber remporte une ultime victoire contre 30000 turcs.
Mais le 14 juin, un fanatique assassine Kléber dans son jardin du Caire puis le 3 septembre, les Britanniques reprennent Malte aux Français.
En mars1800 le débarquement anglais près d'Aboukir et la défaite française à Canope oblige l'armée commandée par le général Menou qui a succédéà Kléber à se retrancher dans Alexandrie d'ou il capitule le 31 août.
En septembre 1800, les Britanniques ramènent en France les débris de l'armée d'Orient.
C'est la fin de la campagne miltaire d'Egypte.
L'institut d'Egypte
Dès le 23 août 1798, l'Institut d'Egypte est créé par Bonaparte sur le modèle de l'Institut de France et tient sa première séance, sous la présidence du savant Gaspard Monge. Jusqu'au 22 mars 1801, l'institut d'Egypte tiendra soixante-deux séance, 51 savants firent partie de l'Institut et y présentèrent des communications liées à leur travaux et découverte.
Organisé en sections, l'Institut est le symbole du travail des savants et des ingénieurs qui se sont livrés en Egypte à des recherches multiples sur : les antiquités, l'architecture, la langue, les structures sociales, l'état sanitaire, le régime des eaux, la musique, l'artisanat, l'industrie, la topographie, la minéralogie, la nature égyptienne .....
Pendant l'hiver 1798-1799 , on procéde à l'exploration des environs du Caire et de la Basse Egypte, on met en place une imprimerie, un hôpital, des ateliers de mécaniques.
L'exploration de la Haute-Egypte
Le 19 mars 1799, une expédition composée de Jollois, Devilliers du Terrage, Dubois-Aymé et Duchanoy, ingénieurs des Ponts et Chaussées, Descotils, Rozière et Dupuy, ingénieurs des Mines et le sculpteur Casteix part vers la Haute Egypte avec pour mission de recueillir des renseignements utiles sur l'agriculture, le commerce et les arts et d'étudier particulièrement le régime du Nil et le système d'irrigation de la région et de procéder à exploration minutieuse et scientifique des monuments rencontrés, c'est la première approche scientifique des monuments de la Haute Egypte, la naissance de La Description de l'Egypte et presque de l'égyptologie.
Le retour et la publication de « La Description »
Après la capitulation militaire, les savants, regroupés à Alexandrie, obtiennent en mai 1801 l'autorisation de quitter l'Egypte des anglais qui en profitent pour voler une partie de leurs découvertes dont la fameuse pierre de Rosette ( au British Museum).
Publiée entre 1809 et 1828, la "Description de l'Egypte ou Recueil des observations et recherches qui ont été faites en Egypte pendant l'expédition française" comporte 10 volumes de planches : 5 consacrés à l'Antiquité, 2 à l'Etat moderne et 3 à l'Histoire naturelle, soit un total de 974 planches, dont 74 en couleur, auxquelles il faut ajouter l'atlas cartographique. Ces volumes sont accompagnés de 9 volumes de texte : 4 pour l'Antiquité, 3 pour l'Etat moderne et 2 pour l'Histoire naturelle.
La qualité typographique des textes, la beauté des gravures et les formats - les plus grands formats font 1 m x 0,81m - font de la Description un ouvrage exceptionnel à tous les points de vue.
Bien que l'expédition d'Egypte se solde par un échec militaire total, la publication des travaux des savants est un monument irremplaçable.
Mais il faut attendre les travaux de Jean-François Champollion pour que le language hiéroglyphiques soit déchiffrés grace à des copies sur calque de la Pierre de Rosette.
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